单位犯罪处罚员工的方式：对直接负责的主管人员和直接责任人员判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑。但是也有部分犯罪不处罚员工，只处罚单位。
【法律依据】
《刑法》第一百七十九条
未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
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