根据不同微生物需要使用不同的培养基类型。比如大肠杆菌一般用LB培养基；放线菌用高氏一号培养基；霉菌可以用牛肉膏蛋白胨培养基。还有土豆蔗糖培养基、土豆葡萄糖培养基。
如果只是单纯的微生物利用碳氮源就要区别是自养还是异养微生物了。自养微生物一般都是直接用二氧化碳作为碳源，异养多用葡萄糖或其他碳水化合物。氮源看是否是硝化细菌，有无固氮能力，如果有就是氮气作为氮源。
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