申请软件版权保护的方法流程是：
1、填好中国版权保护中心提供的软件著作权登记申请表；
2、提交登记申请材料，计算机软件著作权登记申请表、源程序、文档、法人企业营业执照副本复印件，自然人申请则提供身份证正反面复印件；
3、登记机构接收到申请材料之后，检查合格，在规定的期限内通知缴费，缴费后向申请人或代理人发出《受理通知书》，对于不符合要求的，发放《补正通知书》，受理登记申请后30个工作日可办理完成；
4、登记申请受理后，不久就可以看到登记信息公告和收到中国版权保护中心发放的软件著作权登记证书。
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