1、构成要件不同
（1）事实婚姻的男女双方都具有共同终身共同生活的目的符合结婚登记的事实要件，而非法同居的男女双方并不都具有这种终身共同生活的目的，也有可能没有具备结婚登记的要件。
（2）事实婚姻的男女双方具备公开的夫妻身份，而非法同居的男女双方很多时候具有陷落性，临时性，不具有公开性。
（3）事实婚姻的男女双方均无配偶，有配偶的则为事实重婚，非法同居的范围要比事实婚姻宽。
（4）事实婚姻必须发生在1994年2月1日婚姻管理登记条例实行前，而非法同居并无此要求。
2、法律后果不同
（1）法律实质不同。事实婚姻是婚姻的形态，而非法同居则是非婚姻男女共同生活体；事实婚姻只是在程序上具有违法性，而在实质上是符合民法典的规定的，而非法同居无论在程序上还是在实质上都是违法的，有的甚至还违反了刑法的规定应当追究当事人的刑事责任，如重婚罪。
（2）适用的程序及相关的规定不同。对属于事实婚姻关系的案件，人民受理后，依法要先进行调解，调解和好或者撤诉的，确认该婚姻关系有效，发给调解书或裁定书；经调解不能和好的，根据各案情况的不同，即可以调解离婚或者判决准予离婚。而同居关系则不同，只受理有配偶者与他人形成的同居关系，且受理此类纠纷后，不能进行调解，一律予以解除。
（3）子女、财产的分割不同。在身份关系、共同生活期间所得财产的认定、所生子女是否为婚生子女，能否以配偶身份享有继承权问题等方面，也会使两者面对不同的处理结果。事实婚姻中，男女双方的身份关系我国法律目前采取相对承认主义的方式进行确认，而对于非法同居关系中的男女双方身份关系一直以为法律都是采取不承认的态度对待。在财产关系方面，法律仅规定了解除非法同居关系时财产的处理。
