法律分析：工程竣工后发现施工合同无效的，牵涉到的主要就是工程款的结算问题，对于此要分两种情况：
一、建设工程竣工验收合格的。此种情形下，承包人可以向发包人要求按照合同约定支付工程价款，发包人拒绝的，承包人可以向有管辖权的提起诉讼，请求判决发包人依照合同约定支付工程价款，应予以支持。
二、建设工程经竣工验收不合格。这种情况下，要按照以下情形分别处理：
（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用，承包人拒绝的，发包人向请求的，应予支持；
（二）修复后的建设工程经竣工验收还是不合格的，承包人无权请求支付工程价款，对此请求不予支持。
同时，因建设工程不合格造成的损失，发包人存在过错的，也应承担相应的民事责任。
法律依据：《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二条 建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
第三条 建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
