法律分析：建设工程审计纠纷的处理方式：1、合同当事人可以选择的纠纷解决方式：和解、调解、仲裁、诉讼；2、审计活动当事人可以采取的纠纷解决途径：首先确认审计活动中各方的行主体资格;在行制监督关系中，被审计单位是行政主体，可得的救济权利和救济方式是申请行政复议;行政机关以外的金融机构、企事业单位作为被审计单位，是行政相对人，救济方式是行政复议或行政诉讼。
法律依据：《中华人民共和国审计法》
第二条 国家实行审计监督制度。和县级以上地方设立审计机关。各部门和地方各级及其各部门的财政收支，国有的金融机构和企业事业组织的财务收支，以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支、财务收支，依照本法规定接受审计监督。审计机关对前款所列财政收支或者财务收支的真实、合法和效益，依法进行审计监督。
第三条 审计机关依照法律规定的职权和程序，进行审计监督。审计机关依据有关财政收支、财务收支的法律、法规和国家其他有关规定进行审计评价，在法定职权范围内作出审计决定。第四条和县级以上地方应当每年向本级人民代表大会常务委员会提出审计机关对预算执行和其他财政收支的审计工作报告。审计工作报告应当重点报告对预算执行的审计情况。必要时，人民代表大会常务委员会可以对审计工作报告作出决议。和县级以上地方应当将审计工作报告中指出的问题的纠正情况和处理结果向本级人民代表大会常务委员会报告。
