父女不在一个户口本上证明父女关系的办法如下：
1、找到当事人以前户口迁出前的老户口本，上面有当事人父母及当事人的详细户籍信（何时出生申报，亲属关系、何时迁走等）
2、如果找不到原先的户口本了，可以去父亲的户口所在地派出所开具户籍关系证明；
3、也可以去父亲户口所在地的村（居）委会，凭当事人的身份证、老户口本等，要求出具亲属关系证明；
4、还可以通过证明和父亲其他子女或者母亲的关系来间接证明当事人和父亲的亲属关系。
户口本的具体用途如下：
1、办理结婚证，离婚证等婚姻登记手续，需要当事人户口本。
2、购房或卖房，需要当事人出具户口本。
3、证明亲属关系，办理继承，赠与等需要户口本。
4、孩子建档，办理出生证明，落户，入托，上学，等需要户口本。
5、新入人员的户口登记、兵役登记。
6、办理申请出境手续、办理生育申请、办理机动车、办理个体营业执照、办理个人信贷事务、参加社会保险，领取社会救济。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国户口登记条例》
第四条
户口登记机关应当设立户口登记簿。
城市、水上和设有派出所的镇，应当每户发给一本户口簿。
农村以合作社为单位发给户口簿合作社以外的户口不发给户口簿。
户口登记簿和户口簿登记的事项，具有证明公民身份的效力。
