法律分析：有限合伙股权投资后的纳税方式：合伙人应按照合伙协议约定的分配比例来缴税款纳。如果协议无约定的，按照合伙人协商的分配比例来缴纳。如果协商不成的，按照实缴比例来纳税。如果出资比例不能确定的，则按照合伙人数量平均纳税。
法律依据：《税收征收管理法》第三十五条
纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：
（一）依照法律、行规的规定可以不设置帐簿的；
（二）依照法律、行规的规定应当设置帐簿但未设置的；
（三）擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由税务主管部门规定。
