（一）发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖＊税率－速算扣除数，税率是按年终奖／12作为“应纳税所得额”对应的税率。
（二）当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税＝（年终奖－（5000－月工资））＊税率－速算扣除数，税率是按年终奖－（5000－月工资）除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
（三）由于单位发放给员工的年终奖形式不同，个人所得税计算方法也不尽相同。具体如下：
1、员工当月的工资薪金超过「5000」元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。
全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。
2、员工当月的工资薪金不超过5000元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。
但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得（如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等）后的数额。
一、年终奖怎么算
年终奖奖金的发放额度，企业一般自己根据情况调整，通常，开始时额度小一点，比如，占工资总额的5％－10％。当整个系统运行的比较有效、平稳时，会加大额度，有些企业的奖金额度，比工资还要高，甚至达到工资的150％。年终贡献大小按比例计算。但实际上和原则会有出入，这其中直属上司发挥着关键的作用，对奖金产生直接影响，使奖金有10％－30％甚至50％的上下浮动。
不同的企业根据自身情况选择不同的发放形式，一般也会有不同的奖金额度计算方法，一般的公式是：奖金总额的决定方额×奖金计算比例系数（如8％）。
还有一些企业使用另外一个公式：奖金额＝基本工资×a％。其中a是企业自己规定的，根据实际销售额超过目标销售额的比率分成不同的档次。
二、年终奖必须满一年才可以有吗
年终奖不是必须满一年才可以有，具体由用人单位规章制度规定，法律无强制性规定。工资水平在经济发展的基础上逐步提高，用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。年终奖指每年度末企业给予员工不封顶的奖励，是对一年来的工作业绩的肯定。
