个体工商户纳税的方式：由税务机关根据实际情况，确认查账征收的税款、定期定额征收、核定征收中的一种方式予以缴纳。且县以上税务机关可以根据当地实际情况，依法委托有关单位代征税款。
【本文关联的相关法律依据】
《个体工商户税收定期定额征收管理办法》第十二条
定期定额户发生下列情形，应当向税务机关办理相关纳税事宜：
（一）定额与开具金额或税控收款机记录数据比对后，超过定额的经营额、所得额所应缴纳的税款；
（二）在税务机关核定定额的经营地点以外从事经营活动所应缴纳的税款。
第十四条
县以上税务机关可以根据当地实际情况，依法委托有关单位代征税款。税务机关与代征单位必须签订委托代征协议，明确双方的权利、义务和应当承担的责任，并向代征单位颁发委托代征证书。
