出口加工区和保税区的区别如下：
1、出口加工区是指国家划出一定的范围，提供减、免关税等优惠待遇，鼓励外国企业在区内进行投资建厂，生产以出口为主的制成品的加工区域；
2、保税区是指经国家批准并对在其内的特定企业的仓储、加工、转口贸易等活动实行海关保税制度的特定地区，属于可以较长时间存储商品的区域。外国商品存入或输入保税区内，可以暂时不缴纳进口税，若再出口，也不必缴纳出口税，运入区内的外国商品可以储存、改装、分类、加工、制造等，在某种意义上，综合性保税区有类似自由港或自由贸易区的作用；
3、综合保税区的主要税收为：国外货物入区保税；货物出区进人国内销售按货物进口的有关规定办理报关，并按货物实际状态征税；国内货物入区视同出口，实行退税；区内企业之间的货物交易不征和消费税。
法律依据：《海关保税港区管理暂行办法》第十
从境外进入保税港区，供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品；按进口货物的有关规定办理报关手续，海关按照有关规定征收进口关税和进口环节海关代征税。
第十九条
从保税港区运往境外的货物免征出口关税，但法律、行规另有规定的除外。
