食品小经营店登记证注销流程如下：
1、申请人登录原发证的食品药品监督管理部门申报端或省级食品经营许可管理系统，填写《食品经营许可注销申请书》并附相关申请材料；
2、申请人向原发证的食品药品监督管理部门提交申请资料，材料齐全、符合法定形式的，予以受理，申请材料存在可以当场更正的错误的，允许申请人当场更正；
3、申请人到原发证的食品药品监督管理部门食品药品监管局窗口领取《准予注销通知书》或不予注销决定书。
食品许可证注销需要什么材料
食品许可证注销需要以下材料：
1、食品经营许可注销申请书；
2、食品经营许可证正本、副本；
3、与注销食品经营许可有关的其他材料。
法律依据：《食品经营许可管理办法》第三十七条
有下列情形之一，食品经营者未按规定申请办理注销手续的，原发证的食品药品监督管理部门应当依法办理食品经营许可注销手续：
（一）食品经营许可有效期届满未申请延续的；
（二）食品经营者主体资格依法终止的；
（三）食品经营许可依法被撤回、撤销或者食品经营许可证依法被吊销的；
（四）因不可抗力导致食品经营许可事项无法实施的；
（五）法律法规规定的应当注销食品经营许可的其他情形。
食品经营许可被注销的，许可证编号不得再次使用。
