天然的水晶一般都会有絮状（绵绺），也就是大家俗称的瑕疵，这是液体水落石出和二氧化碳的小孔穴，而人工合成的水晶就不会有这样的特征。
水晶是有成色等级之分，影响水晶价位的因素很多，不像钻石以4C就可以判定，所以大家要多听多看多比较才能真正辨别出来。一般的标准是水晶石越大越好，越透越好，颜色越娇嫩越好，形状越典型越好。不过最重要还是自己喜欢，而选购时辨识真伪的方法大致有下列几种： 眼看：
天然水晶在形成过程中，往往受环境影响总含有一些杂质，对着太阳观察时，可以看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质。而假水晶多采用残次的水晶渣、玻璃渣熔炼，经过磨光加工、着色仿造而成，没有均匀的条纹、柳絮状物质。 舌舔：
简单鉴别水晶，避免买到假水晶
即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也有冷而凉爽的感觉。假的水晶，则无凉爽的感觉。 光照：天然水晶竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩。假水晶则不能。 硬度：
天然水晶硬度大，用碎石在饰品上轻轻划一下，不会留痕迹；若留有条痕，则是假水晶。
用偏光镜检查：
在偏光镜下转动360度有四明四暗变化的是天然水晶，没有变化的是假水晶。
用二色检查：
天然紫水晶有二色性，假水晶没有二色性。
用放大镜检查：
用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为假水晶。
用头发丝检查：
仅限于正圆形水晶球。将水晶球放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝双影的，则为水晶球。主要是因为水晶具有双折射性。但是这样无法把天然晶，养晶和熔炼晶区分开来。只能区分玻璃等其他物质。（博客）
用热导仪检测：
将热导仪调节到绿色4格测试宝石，天然水晶能上升至黄色2格，而假水晶不上升，当面积大时上升至黄色
