工程造价司法鉴定程序如下：
1、工程造价司法鉴定要经过委托鉴定程序；
2、受理委托，确定工程造价的司法鉴定人员程序；
3、查阅案卷，召开当事人会议的程序；
4、现场勘探、证据调查程序；
5、听证质疑程序；
6、出具鉴定报告。
工程造价司法鉴定的原则如下：
1、鉴定机构对案件双方当事人的利益站在公正的立场平等对待，对双方当事人提供的事实公平地作为鉴定的依据，不得因当事人的地位不同适用不同的标准，从而使利益失去平衡；
2、不管双方签订的合同或具体条款是否合理，鉴定人员均无权自选理发或否定当事人之间有效的合同或补充协议的约定内容；
3、被鉴定的合同或条款不违背法律法规的强制性规定，被鉴定的工程质量已被确认合格；
4、鉴定人员必须以能够为证据证明的事实作为鉴定结论的依据；
5、当双方无法提供全面有效的局面证据来支持己方的主张或否定对方的主张时，鉴定人员应当不受当事人的干扰，地利用工程造价的专业知识和相关的行业规定，出具司法鉴定报告。
【法律依据】：
《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十九条
当事人在诉讼前已经对建设工程价款结算达成协议，诉讼中一方当事人申请对工程造价进行鉴定的，人民不予准许。
第三十条
当事人在诉讼前共同委托有关机构、人员对建设工程造价出具咨询意见，诉讼中一方当事人不认可该咨询意见申请鉴定的，人民应予准许，但双方当事人明确表示受该咨询意见约束的除外。
